Contraído o HIV, ocorre no indivíduo um processo infeccioso - que normalmente passa despercebido - e, como já vimos, o HIV vai se alojar dentro das células do sistema de defesa, iniciando seu processo de reprodução. Durante esse período, diz-se que o indivíduo é portador assintomático do HIV. O exame é positivo, porém a pessoa está tão bem quanto qualquer outra que não tenha o HIV. No entanto, nessa fase a pessoa pode transmitir o vírus a outras ao se envolver em situações de risco. Alguns indivíduos contaminados desenvolvem algumas doenças oportunistas (que não levam à morte) causadas pelo enfraquecimento do sistema de defesa natural provocado pela ação do HIV. Essas doenças se aproveitam da desorganização do sistema imunológico para se instalar no organismo humano, constituindo um quadro clínico relacionada à AIDS. Nessa fase, diz-se que a pessoa é portadora sintomática do HIV, podendo também transmiti-lo involuntariamente.
Essas doenças têm sinais clínicos - gânglios inflamados (ínguas), fadiga sem motivo, perda de peso involuntária, febres intermitentes, diarréias, tosses persistentes e suores noturnos - que não são, no entanto, exclusivos da infecção pelo HIV, e que podem ser ocasionados por uma série de outras doenças. Embora esses sinais sejam comuns entre portadores de HIV, a manifestação deles não caracterizam desenvolvimento exclusivo de AIDS.
Sabe-se que o HIV desorganiza o sistema imunológico. Quanto mais debilitado estiver o sistema imunológico, maior a possibilidade da pessoa vir a desenvolver AIDS. Vale a pena lembrar que uma pessoa portadora do HIV pode vir a desenvolver AIDS dentro de um período que dura, em média, oito a dez anos. No entanto, caso haja uma recontaminação por uma carga viral diferente, esse período pode ser abreviado.
As pessoas com AIDS são acometidas por uma série de infecções oportunistas ainda mais graves, dentre as quais destacamos algumas: pneumonia por Pneumocistis carinii, tuberculose, candidíase, toxoplasmose e sarcoma de kaposi.

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